審判系統

審查庭

審查庭庭長由院長以外各庭之庭長、審判長輪流兼任，處理審判案件之審查及分案事宜。

審判庭

第一庭庭長由院長兼任；其餘各庭分別置庭長或審判長1人，法官數人，職司行政訴訟審判業務。 

行政系統

司法事務官室

受各庭長及專責庭長之職務監督，辦理：1.稅務事件之資料蒐集、分析及提供財稅會計等專業意見。2.依法參與訴訟程序。3.其他法律所定之事務。

書記處

置書記官長1人，襄助院長處理一般行政業務，下設紀錄科、審查科、文書科、研究發展考核科、總務科、訴訟輔導科、法警室、法官助理室，分別掌管審判紀錄、審查、文書、工作管制考核與業務之研究發展、庶務、財務管理、訴訟輔導、警衛、協助法官辦理訴訟案件程序之審查、法律問題之分析、資料之蒐集等業務。

人事室

掌管職員任免、遷調事項、獎懲案之擬議、考核、考績、退休、撫恤、俸給待遇、訓練進修、差假管理、人事資料之管理以及有關員工福利、公保、健保、文康活動等事項。

會計室

掌管本院概算、預算、決算之編擬，根據核定分配預算及業務計畫、控制財務收支，整理司法收入，清理訴訟案款，以及財務上增進效能與減少不經濟支出之建議。

統計室

掌理司法統計業務。

政風室

掌管政風法令之擬訂、宣導，員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項，政風建議及考核獎懲建議事項，本機關公務機密維護、財產申報及其他有關政風事項。

資訊室

掌管全院資訊業務，包含電腦軟硬體設備及網路系統之維護管理、各項業務系統推廣建置維護。

各類委員會

分別掌理法官職務評定、法官自律、考績、甄審、國家賠償事件處理及性騷擾申訴調查等事項。